機器收費方式是由用路人在通過收費站時，自行採投幣方式繳費通過，車輛行經收費站時與人工收費相同，仍需減速、停車投幣（待升降桿升起後）再駛離，因此亦造成車輛等候延滯。民國84年，樹林、龍潭收費站部分車道曾裝設試辦自動投幣機收費設備，並於民國87年底開始辦理電子收費系統試用計畫時，停止使用自動投幣機收費系統。