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配合「土地徵收條例」89年2月2日公布及行政程序法90年1月1日起實施，基於行政程序法第6條及第7條規定：「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇」；並應以「所採取之方法應有助於目的之達成」為原則。除獎勵專案內容與法令有牴觸部分應屬無效外，其餘部分仍得繼續適用。交通部於90年9月25日修正「交通部暨所屬各機關辦理交通建設工程用地徵收獎勵專案」，其獎勵措施如下:

(一) 土地部分：配合施工獎勵金，獎勵標準如下

1. 土地所有權人於徵收補償完竣前，出具土地使用權同意書先行提供施工或出具配合施工切結書者，按每公頃120萬元發給。但存入專戶保管者，於工程施工前，始出具土地使用權同意書或施工時不阻撓者，以每公頃60萬元發給。

2. 三七五出租耕地，經出租人及承租人出具土地使用同意書或配合施工切結書者，分別由出租人領取3分之2，承租人領取3分之1。

3. 屬出租土地者，承租人出具土地使用權同意書或配合施工切結書者，發給配合施工獎勵金之3分之1。

(二) 地上物部分

1. 建物自動拆遷獎勵金：

1. 合法房屋所有人於限期內自行拆遷者，按當地政府查估補償標準50%發給自動拆遷獎勵金。

2. 未能提出合法建物證明之拆遷戶，除地方政府另有較高標準從其規定外，按合法建物補償標準70%發給拆遷救濟金；其於限期內自行拆遷者，按拆遷救濟金額之30%計算發給自動拆遷獎勵金。

2.墳墓自動遷葬獎勵金：於限期內自行遷葬者，按當地政府查估標準發給墳墓遷葬金額之50%自動遷葬獎勵金。