未來海事中心的日常航安監控、預警以及航安事件的通報任務是由值班的監控人員所負責擔任，透過新建置的智慧航安資訊平臺系統進行此項作業。若有海難事件的發生，應變中心啟動，航港局相關人員將進駐應變中心。

依災害防救法第三條規定，交通部為中央海難災害防救業務主管機關，負責指揮、督導、協調各級海難災害防救相關行政機關(構)及公共事業執行海難災害防救工作；航港局辦理我國海難救護之執行、監督管理及航政業務。

未來整體的應變指揮體制仍將依據交通部「海難災害防救業務計畫」進行；另航港局訂有「海難災害防救應變標準作業流程」作為海難應變作業辦法，海難應變通報流程如下圖。