2021 年於 4 月至 9 月陸上觀察未目擊中華白海豚。相較於過去 2014年至 2021 年陸上觀測資料，逐年減少，至 2017 年目擊率降至 0。2021年工地每日監看 1 月至 9 月共努力量為 273 人天結果未有發現中華白海豚紀錄。相較於 2019 年紀錄目擊 3 筆，2020 年紀錄目擊 5 筆，減少許多。金門大橋工程始於 2012 年 5 月，期間於 2012 年 12 月至 2013 年 5 月、2016年 6 月至 11 月皆有停工，期間有小三通船班與抽砂船數量等因素，推測金門中華白海豚目擊率減少應非金門大橋施工緣故。2021年金門大橋未有打樁行為，北邊抽砂船也減少，金烈水道小三通也未行駛，但仍未有任何中華白海豚觀測紀錄，顯示中華白海豚出沒原因非只受施工及小三通影響，氣候、海況、食物來源等也可能是影響因素，仍需有更完整之研究方式及後續監測才能確切了白海豚出沒於金門海域之原因。

為加強全區施工及監造人員辨識中華白海豚之能力，亦敦聘相關專家學者定期(每年至少 1 次，3 小時以上)實施中華白海豚之保育教育宣導及訓練。施工期間指派人員配合施工作業每日進行監看。若發現中華白海豚，立即依「通報系統」通知現場暫停作業，並填寫「施工期間中華白海豚監看紀錄表」(包括時間、座標、相對距離、數量等)，待其離開作業影響範圍後，再恢復施工，以降低對白海豚之影響。

為達到生態保護目的，金門大橋在設計上做了許多考慮

• 地形地貌改變最小化：如引道段之路堤設計。
  
  
• 生態綠帶的串聯：應用到路兩側綠帶提供區域綠帶之串聯。橋下空間臨海岸邊界處則進行防風林之復育設計，提供縱向之海岸防風林之串聯機會。
  
  
• 現地表土再利用：為求現地表土資源有效再利用，保留清除與掘除工作內挖鬆之表層30cm厚度之土壤，表土收集再利用於植栽工程，提供基地範圍內之植栽綠化區良好土壤環境，增加植栽生長適應性提升存活率。
  
  
• 創造具生態棲息價值的空間：例如複層植栽設計、邊坡排水草溝。
  
  
• 節能的 LED 燈照明設計，避免對環境產生光害。
  
  
• 生態復育及綠化：例如引道路堤邊坡植生綠化，串聯基地周邊之綠地系統;橋下海岸邊之防風林復育，提供垂直向之沿海防風林串聯機會。
  
  
• 植栽設計：採用當地適生樹種，營造路段植栽特色。創造高、中、低多層次之植物環境，維護管理性佳，防風性佳之樹種選用，噪音之阻隔與不良視覺之遮蔽等。
  
  
• 大金端海域蚵田範圍設置污染防制膜，並配合水質監測，降低工區水質之影響。
  
  
• 避開慈湖鳥類保護區。