在航安監控方面，為即早航行預警，在海事案件發生前或發生初期即早應處，海事中心針對我國定期航線之客船航線進行航線及航速異常之監控，並配合於海難災害發生時持續監控及追蹤案情最新情況；也針對高雄外海之滯留船舶進行監控，定期將名單提供給相關單位應處。 海事中心除了航安監控外，最近在邊境防疫上也發揮了重大功能，例如防疫高低風險之風場工作船有互相靠近或我國7大商港之港區交通船駛離港區範圍之情形，則有交換船員形成防疫破口之疑慮，海事中心如監控到該等情形立即通報相關單位進行後續應處。